Parece ser que los primeros pobladores de la zona llegaron durante el transcurso del Paleolítico Inferior, según restos obtenidos en el yacimiento de "La Dehesa", donde aparecen también restos del neolítico, de la Edad del Bronce y del Cobre.

El papel organizador que Niebla ha desempeñado a lo largo de los siglos sobre la zona, comienza en la Edad de los Metales, constituyéndose dicho área como un centro económico de elevada importancia, que en época romana actúa como punto de confluencia de los minerales procedentes de las minas del interior, de los productos agrícolas de las tierras del Condado y del puerto de Onuba Estuaria.

Niebla acuña moneda, y en ésta época las tierras de Lucena se organizan territorialmente en un poblamiento disperso en villas romanas, con una gran actividad y producción agraria; como atestiguan los restos arqueológicos encontrados en las terrazas del Tinto, monedas, tégulas y cerámicas, y los restos arquitectónicos de diversas épocas, que se encuentran actualmente visibles en la Hacienda de la Luz.

El topónimo de Lucena procede, con toda probabilidad, del nombre de una de las villas romanas: " villa romana luciana ", que significa villa del propietario Lucio. Se trata de una formación del antropónimo romano –Lucius-, seguido del sufijo –ena-, indicativo de propiedad (Gordon y Rusthaller, 1992; 430). El apelativo del Puerto, viene motivado por la existencia de un pequeño puerto que se situó sobre el río Tinto, del que se tiene constancia ya en 1440, y que posibilitaba la circulación de embarcaciones de poco calado destinadas al comercio.

Tras una fugaz presencia de vándalos en la zona, se desmorona el poder romano, dando lugar al establecimiento del dominio visigodo, que no supuso apenas modificaciones en las formas de vida de Lucena, a pesar de que incrementó el carácter de Niebla como cabecera comarcal.

La rápida conquista protagonizada por las tropas islámicas, desembocó en una lenta pero completa absorción cultural de los pobladores hispanovisigodos hacia las costumbres islámicas. Restos de este periodo se encuentran visibles en el entorno de "Valbuena", "El Bosque" y "La Herrería".

Es en ésta época de larga dominación musulmana, donde parece ser que se gestó el actual núcleo de población de Lucena del Puerto, aunque probablemente sobre los restos de las antiguas villas romanas. Así pues, como contrapunto a la Lucena romana, algunos autores apuntan que el origen de topónimo de la localidad es musulmán, puesto que éstos denominaban genéricamente con el vocablo –sened- a las vertientes de los montes según Rodrigo Amador de los Ríos. En el caso de Lucena, dicho topónimo, podría derivarse del vocablo latino lux y sened, haciendo tal vez alusión a una pequeña agrupación de villas enclavadas a la "luz de los montes".(Márquez, J. A., 2003).

Tras la descomposición del califato de Córdoba , la unidad islámica de Al –Andalus se desmorona en un mosaico de unidades políticas independientes denominadas reinos de taifas, y uno de estos reinos será el de Niebla. La lucha interna entre los reinos de taifas, provocará la invasión de los almorávides en 1091 y la posterior invasión de los almohades en 1155, dando paso a un periodo de inestabilidad e inseguridad.

Con la batalla de las Navas de Tolosa, en 1212, el imperio Almohade se desmorona, propiciándose así el resurgimiento de los reinos de taifas debido al vacío de un poder central musulmán, por lo que Lucena quedó de nuevo sujeta a Niebla.

Tras la conquista cristiana de Niebla en 1262, por Alfonso X el Sabio, se abre una nueva etapa al introducir dos elementos nuevos que van a configurar la realidad local durante toda la modernidad y primera mitad del siglo XIX: la creación del Condado de Niebla y la fundación del Monasterio de la Luz de Parchilena.

La creación del primero tiene lugar tras un intento repoblador fracasado de la corona y después de varias vicisitudes y cambios de titularidad que terminan en 1369 con la creación del Señorío de Niebla y la adscripción jurisdiccional a la casa Pérez de Guzmán.

La fundación del Monasterio de la Luz tuvo lugar en torno a la última década del siglo XV y principios del siglo XVI, sobre una amplia hacienda propiedad de Don Diego de Oyón y su esposa, Doña María de Cárdenas, legada en testamento a la orden jerónima y posteriormente reclamada, alegando derechos de sucesión nobiliaria más que discutidos, por el Conde de Niebla, que en 1503, por sentencia del Alto Consejo de Castilla y orden real, fue obligado a abandonar dicha propiedad.

La sabia organización de los espacios productivos de Parchilena se debió a ésta importante construcción eclesiástica, que durante más de 300 años, constituyó la base organizativa de la vida social y económica no sólo de Lucena, sino llegando a desbordar con mucho el ámbito local.

El siglo del Barroco supondría, para Lucena también, el florecimiento de las manifestaciones religiosas, destacando la cofradía de Nuestra Señora del Rosario, y años más tarde, en 1700, existirá también un cofradía dedicada a Nuestra Señora de la Soledad, que desaparecería con el tiempo.

El siglo XVII llevó a Lucena a un retroceso demográfico que hizo descender su población, para iniciar un lento, pero progresivo impulso demográfico a partir del siglo XVIII, superando por primera vez en población a la villa de Niebla.

En 1812, el decreto de abolición de los señoríos hace desaparecer el Condado de Niebla y la jurisdicción que sobre él ejercía el Duque de Medina-Sidonia, en aquel entonces Don Francisco del Borja Álvarez de Toledo. Surge la provincia de Huelva, y Lucena cambiará su cabecera judicial, que ya no será Niebla, sino Moguer.

Así pues, desde mediados del siglo XIX y durante el siglo XX, la población lucenera sigue manteniendo su tradicional carácter rural, además de continuar aferrada a la producción agrícola. También destaca el ganado, además de la caza, que hoy en día se sigue practicando. Por otro lado, la industria gira en torno a la producción agropecuaria, destacando varios molinos de aceite.

Sin romper nunca con la realidad heredada de siglos anteriores, Lucena del Puerto, continúa cultivando en éste recién estrenado siglo XXI, pero ahora relega de los viejos cultivos a favor de la prosperidad de otros nuevos como las fresas, las frambuesas, las moras y los arándanos, cambiando el uso de la viejas tierras de vega y campiña por el de arenales más próximos al litoral, dando paso a una diversificación de los tipos de cultivos.